Fakultas Agama Islam (FAI) mulai dibuka berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor E/137/1997 (30 Juni 1997). SK tersebut memberikan Status Terdaftar Program S1 di bawah pembinaan Kopertais Wilayah II Bandung.

Berdasarkan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/118/2005 dan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor DJ.I/30/2007 (22 Januari 2007), Jurusan Muamalat secara resmi berubah menjadi Program Studi Ekonomi Islam (S1).

Melalui SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 2198 Tahun 2012, nama program studi kembali disesuaikan menjadi Program Studi Ekonomi Syariah (S1) dengan pemberian gelar akademik Sarjana Ekonomi Syariah (S.E.Sy).

Pada tahun 2014, Universitas Siliwangi resmi beralih status menjadi Perguruan Tinggi Negeri (PTN). Berdasarkan SOTK Universitas Siliwangi tahun 2015, Fakultas Agama Islam menjadi salah satu fakultas negeri yang membina Program Studi Ekonomi Syariah dengan gelar akademik terkini, yaitu Sarjana Ekonomi (S.E).

Pada awal tahun 2024, Fakultas Agama Islam resmi mendirikan program studi baru yaitu Manajemen Mutu Halal (S1). Pembukaan program studi ini dilakukan untuk merespons tingginya kebutuhan tenaga ahli profesional di bidang jaminan produk halal di Indonesia, yang sejalan dengan amanat Undang-Undang No. 33 Tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal.